Yang menjadi perbedaan antara kedua istana ini yaitu Istana Negara menghadap ke arah Jalan Peteron, sedangkan Istana Merdeka menghadap ke arah Medan Merdeka.
Sebagai pusat kegiatan pemerintahan negara, saat ini Istana Negara menjadi tempat penyelenggaraan acara-acara yang bersifat kenegaraan.
Antara lain seperti pelantikan pejabat-pejabat tinggi negara, pembukaan musyawarah dan rapat kerja nasional, kongres bersifat nasional dan internasional, serta jamuan yang bersifat kenegaraan.
Sementara fungsi Istana Merdeka hanya digunakan untuk menyelenggarakan acara-acara tertentu saja.
Hal ini diawali pada 17 Agustus 1950, yang menjadi saat pertama kali dalam sejarah dilakukan peringatan Hari Proklamasi Kemerdekaan Indonesia di Istana Merdeka.
Pada awal pemerintahan Republik Indonesia, Istana Merdeka sempat menjadi saksi sejarah penanda tanganan Naskah Pengakuan Kedaulatan Republik Indonesia Serikat oleh pemerintah Belanda pada 27 Desember 1949.
Waktu itu Indonesia diwakili Orang Seri Sultan Hamengkubuwono IX, sedangkan Kerajaan Belanda diwakili Ah Haje Lofing, Wakil Tinggi Mahkota Belanda di Indonesia.
Dalam upacara yang mengharukan itu bendera Belanda diturunkan dan bendera Indonesia dinaikan.