Dia tiba di Danau Lerna dengan keponakannya Iolaus dan menemukan Hydra bersembunyi di kedalamannya yang keruh.
Herakles menyerangnya dengan pedangnya, tetapi segera menyadari bahwa setiap kali dia memotong satu kepala, dua kepala lagi tumbuh kembali di tempatnya.
Dalam keputusasaan dia meminta bantuan dari Iolaus yang menyarankan untuk membakar setiap kepala dan setelah muncul dari air sebelum dapat menumbuhkan dua kepala lagi.
Ini berhasil dan akhirnya Herakles berhasil membunuh monster itu dengan memotong kesembilan kepala sekaligus dan menguburnya di bawah batu di mana mereka tidak akan pernah tumbuh kembali.
Hydra akhirnya dikalahkan oleh Herakles, tetapi itu adalah pertempuran yang sulit. Hera marah pada Herakles karena berhasil dalam tugasnya, mengirim seekor kepiting raksasa untuk menyerangnya.
Herakles mampu meremukan seekor kepiting di bawah kakinya, sehingga menyelesaikan yang kedua dari dua belas pekerjaannya.
Darah Hydra adalah racun yang mematikan, dan giginya dikatakan sangat tajam dan berbahaya, sehingga Herakles menggunakannya untuk membuat panah.
Napasnya dikatakan sangat beracun, sehingga bisa membunuh siapa saja yang mendekatinya.