Tibalah saatnya, di awal Januari 2024, Jonan dipanggil oleh duta besar Vatikan dan pimpinan Gereja Katolik di Indonesia. Ternyata itu rapat untuk mempersiapkan rencana kunjungan Sri Paus di tahun 2024.
Rencana kunjungan itu pun dikonsultasikan kepada Presiden Joko Widodo –melalui Menteri Sekretaris Negara Pratikno dan Menteri Luar Negeri Retno Marsudi.
Akhirnya dengan segala persiapan yang luar biasa kunjungan itu terjadi. Tidak ada masalah di pemerintah, masyarakat dan gereja Katolik di Indonesia.
Beliau pun mendarat di Bandara Soekarno-Hatta 3 September 2024.
"Air mata saya berlinang saat menyambut beliau di apron bandara," ujar Jonan. Menteri Agama, Kardinal Ignatius Suharyo, dan Duta Besar Vatikan ikut menyambut Paus.
Selama kunjungan 4 hari dan 3 malam itu Sri Paus menghadiri 11 acara. Ada tujuh acara publik yang diliput media serta empat acara privat yang tidak diliput media. Salah satunya peresmian simbolis patung Yesus terbesar yang ada di Samosir, dekat Danau Toba.
"Bagi saya, memimpin sebuah panitia kunjungan Paus adalah kesempatan sekali seumur hidup. Mengapa? Kunjungan Paus terakhir ke Indonesia di tahun 1989 atau 35 tahun yang lalu!" tulisnya.
"Di kunjungan Paus Franciskus ke-58 negara, saya adalah SATU SATUNYA UMAT KATOLIK AWAM YANG MENJADI KETUA PANITIA MEWAKILI GEREJA KATOLIK," tulis Jonan.